Zuerst das Ragout zubereiten, denn das kann gerne 30-60 Minuten einköcheln, damit es all seine Aromen entfaltet. Dafür also Zwiebeln, Knoblauch, Möhren schälen und klein Hacken. Die Pilze je nach Größe vierteln oder halbieren. Olivenöl in einer großen Pfanne erhitzen und das Hackfleisch darin knusprig anbraten. Dann das Gemüse hinzugeben und alles 3-4 Minuten anschwitzen.
Gebe das Tomatenmark hinzu, röste es kurz an, und lösche dann alles mit dem Rotwein ab. Wenn dieser zum Großteil eingekocht ist, gebe die Brühe, Worcestersoße, Zucker und Thymian hinzu und lass das Ragout bei mittlerer Hitze 30-60 Minuten einköcheln. Schmecke erst zum Schluss mit Salz und Cayennepfeffer ab und rühre die kleingehackte Petersilie unter.
Befreie die Kartoffeln und ihrer Schale, schneide sie je nach Größe in Viertel oder Achtel und koche sie in gesalzenem Wasser in einem große Topf für 15-20 Minuten weich. Gieße das Wasser ab und verarbeite die Kartoffeln mit Butter, Milch, Muskat, Salz und Pfeffer zu Püree. Rühre zum Schluss den geriebenen Parmesan unter.
Heize den Ofen auf 180 Grad Ober-/ Unterhitze vor. Fülle das Ragout in eine ofenfeste Auflaufform und verteile das Kartoffelpüree vorsichtig obenauf. Gib den Sheperd's Pie für circa 30 Minuten in den heißen Ofen, bis die Kruste leicht gebräunt ist.