Für den Rotkohl äußere Blätter vom Rotkohl entfernen. Kohl putzen, vierteln, vom Strunk befreien und in feine Streifen schneiden. Zwiebeln schälen und fein würfeln.
Butterschmalz in einem großen Topf erhitzen. Zwiebeln darin andünsten. Mit Zucker bestreuen und karamellisieren lassen. Rotkohl dazugeben und unter Rühren ebenfalls andünsten. Mit Salz und Pfeffer würzen. Wacholder und Lorbeer dazugeben und mit Rotwein, Essig sowie Gemüsebrühe ablöschen. Bei geringer Hitze zugedeckt 45–50 Minuten köcheln lassen.
Für die Spätzle Mehl mit Eiern, etwas Muskatnuss, Salz und Pfeffer verschlagen. Mit einem Küchentuch abdecken und 30 Minuten bei Zimmertemperatur quellen lassen.
Einen großen Topf mit Salzwasser zum Kochen bringen. Spätzleteig portionsweise durch eine Spätzlepresse hineindrücken oder über ein Spätzlebrett in das Wasser schaben. Im siedenden Wasser garen, bis sie an der Oberfläche schwimmen. Mit einer Schaumkelle herausnehmen und gut abtropfen lassen.
Backofen auf 200 °C Ober-/Unterhitze vorheizen lassen.
Eine Auflaufform mit etwas Butter fetten. Bergkäse reiben. Wacholder und Lorbeer aus dem Rotkohl entfernen. Rotkohl in die Auflaufform geben und Spätzle darauf verteilen. Mit Schinken und Käse bestreuen. Im heißen Ofen 20-25 Minuten backen.