Für den Teig alle Zutaten zu einem glatten Teig verkneten, ggf. etwas kaltes Wasser dazugeben. Teig zu einer Kugel formen, in Klarsichtfolie einwickeln und 30 Minuten kaltstellen.
Backofen auf 160 °C Umluft vorheizen. Backförmchen mit Backpapier auslegen.
Währenddessen für die Füllung Zitrone halbieren und nur von einer Hälfte Saft auspressen und Schale abreiben. Vanilleschote halbieren und Mark auskratzen. Quark und Frischkäse in einer Schüssel mit Zitronenschale, -saft, Zucker und Hälfte vom Vanillemark verrühren. Eier, Stärke und Backpulver dazugeben und unterrühren.
Teig auf der bemehlten Arbeitsfläche ausrollen und 6 Kreise (Ø ca. 15) ausstechen. Füllung in die Förmchen geben und glatt streichen. Im heißen Ofen ca. 35 Minuten backen, ggf. mit Alufolie abdecken.
Thymian vorsichtig waschen und trocken tupfen. Zucker, Zitronenthymian und 3 EL Wasser in einem kleinen Topf aufkochen, bis der Zucker sich aufgelöst hat. Mischung 30 Minuten ziehen lassen, dann durch ein feines Sieb gießen.
Erdbeeren putzen, waschen und je nach Größe halbieren oder vierteln. Mit Zitronenthymiansirup mischen. Auf den Mini-Cheesecakes verteilen und mit Puderzucker bestäuben.